系统院承担重大疾病共性机制研究、免疫与炎症两个全国重点实验室建设，已取得包括实验动物使用许可证、生物安全二级实验室证书等资质， 系统院现有场地建筑面积约4.5万平方米。

与国家生物药技术创新中心合作共建细胞与基因治疗研发与转化平台，包括2万平方米科研大楼，65%获得国家级人才项目，苏州市重点实验室、苏州市新型研发机构等平台项目，拥有省级院士工作站、海外院士联合实验室，课题组负责人70%从海外引进，75%获聘院校准聘长聘教职，获得了江苏省产学研联合重大创新载体（新型研发机构），建设有高通量测序和高性能计算、免疫功能检测分析、实验动物中心、RNA和蛋白质技术等5个平台，江苏省工程研究中心，5000平方米实验动物中心（ABSL-2）等主体建筑。

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